به علت خاصیت کاتیونی، جذب پوستی و مخاطی ان از دستگاه گوارش حداقل می‌باشد. در آزمایشهای حیوانی اثرات سمی و سرطان زائی در این ماده دیده نشده است.کلرهگزیدین طعم ناخوشایندی دارد و می‌تواند موجب تغییراتی موقتی در حس چشایی بشود. علت این تغییر دناتوره شدن پروتئین‌های سطحی مستقر بر جوانه‌های چشایی است. کلرهگزیدین موجب پدیدآمدن رنگ قهوه‌ای بر روی دندان‌ها و پرکردگی‌های همرنگ دندان مخاط دهان و زبان می‌شودو پوسته پوسته شدن مخاط، بزرگی غدد بزاقی. کلرهگزیدین طعم ناخوشایندی دارد و می‌تواند موجب تغییراتی موقتی در حس چشایی بشود. بویژه این تاثیر در مورد طعم شوری است که باعث بی‌مزه شدن غذا می‌گردد و این تغییر به غلظت کلرهگزیدین بستگی دارد. علت این تغییر دناتوره شدن پروتئین‌های سطحی مستقر بر جوانه‌های چشایی است. کلرهگزیدین موجب پدیدآمدن رنگ قهوه‌ای بر روی دندان‌ها و پرکردگی‌های همرنگ دندان مخاط دهان و زبان می‌شود این امر به علت اتصال گردهای کاتیونی کلرهگزیدین به فاکتورهای موجود در رژیم غذائی مانند گالیک اسید و تانیس رسوب این فاکتورهای رنگی بر دندانها و مخاط نسبت داده می‌شود و شدت آن بستگی به مقدار ماده مصرفی و زمان مصرف آن دارد. این تغییر رنگ خارجی بوده و توسط پالیشنگ دندان برطرف می‌شود. از دیگر عوارض کلرهگزیدین که چندان شایع نیست جراحات مخاطی است که بسته به غلظت کلرهگزیدین دارد. موارد کمی از تورم یکطرفه یا دوطرفه غده پاروتید در اثر مصرف کلرهگزیدین گزارش شده است کلرهگزیدین با تاثیر بر تجزیه گلوکز باکتریها از تولید اسید توسط آنها جلوگیری می‌کند و محیط جلوگیری‌می‌کند و محیط را قلیائی نگه می‌دارد که این عامل زمینه را برای تشکیل جرم فوق لثه‌ای آماده می‌کند.