عوارض آن شبیه آمی‌تریپتیلین است. شامل خواب‌آلودگی، اثرات آنتی کولی‌نرژیک (خشکی‌دهان، تاری دید، یبوست)، تهوع، کم‌فشاری ارتواستاتیک، عرق‌ریزی و ترمور. در مقایسه با آمی‌تریپتیلین اختلال جنسی و تشنج در آن بیشتر است. تشنج در ۰٫۵٪ از افراد که ۲۵۰ میلی‌گرم یا کمتر مصرف کنند ممکن است ایجاد شود. در صورت مصرف بالای ۲۵۰ میلی‌گرم در روز احتمال تشنج به ۲ درصد می‌رسد. کلومیپرامین ممکن است عوارض مهمی به همراه داشته باشد. در صورت شدت یا ازمان هر یک از علایم زیر با پزشک خود مشورت کنید: خواب آلودگی، سردرد، بی قراری، اشکال در حافظه یا تمرکز، تاری دید، احساس سبکی سر، تعریق، تهوع، استفراغ، خشکی دهان، ناراحتی معده، اسهال، یبوست، تغییر در اشتها یا وزن و مشکلات جنسی. اما در صورت بروز هر یک از علایم یا نشانه‌های زیر، بلافاصله به پزشک خود مراجعه کنید: ضعف یا خستگی شدید، افسردگی، تشنج، لرزش، اشکال در تنفس، زردی پوست یا چشم‌ها، تب، بثورات پوستی، خشکی عضلانی غیرمعمول، طپش قلب یا ضربان نامنظم قلب و مشکلات ادراری