موارد نادری از پانکراتیت حاد دیده شده است. تزریق سریع داخل وریدی آن باعث افت فشار خون به صورت ناگهانی و بروز سرگیجه و سردرد و استفراغ و کوری و تاکی کاردی و غش کردن می شود. افت فشار خون ممکن است در تجویز داخل عضلانی یا انفوزیون آهسته داخل وریدی نیز رخ دهد. ممکن است تزریق داخل عضلانی باعث ایجاد درد و تورم و ایجاد آبسه و نکروز بافت در محل تزریق گردد. آسیب‌های مشابه ناشی از بیرون زدن دارو از عروق طی تجویز داخل وریدی رخ می دهد. پیشگیری: پنتامیدین باید تحت نظارت دقیق مصرف شود و در صورت تجویز آن برای بیمارانی که در اثر عوارض جانبی دارو وضعیت بدتری پیدا می کنند مراقبت زیادی لازم است. مایع مغزی نخاعی باید از نظر علائم درگیری سیستم عصبی مرکزی قبل از تجویز دارو چک شود چرا که در صورت وجود Trypanosomiasis این دارو مؤثر نمی باشد. طی مصرف دارو بیمار باید در حالت به پشت خوابیده بماند و فشار خون او مانیتور گردد. در طی دوره‌های درمانی با پنتامیدین بیمار را باید به صورت منظم از نظر عملکرد کلیه و کبد، گلوکز خون، شمارش پلاکتی و گلبولهای خون و دیگر پارامترهای معرف مسمومیت مثل غلظت کلسیم سرم و ECG ارزیابی نمود. متعاقب تجویزهای مکرر، تجمع دارو رخ می دهد به ویژه در کبد و کلیه‌ها و تنها غلظت‌های کمی از دارو در ادرار یافت می شوند. توزیع دارو در ریه‌ها متعاقب تزریق، پایین است.