در ابتدا فقط در درمان مالاریا به کار می رفت. امروزه در برخی بیماریهای روماتولوژی مانند آرتریت روماتوئید و لوپوس سیستمیک و اسپاسم عضلانی نیز استفاده می شود.کینین‌ در درمان‌ مالاریای‌ناشی از پلاسمودیوم‌ فالسیپارم‌]]]]]] مقاوم‌]] به‌کلروکین‌ یا در صورتی‌ که‌ ارگانیسم‌ عامل‌، نامشخص‌ باشد یا آنکه‌ گونه‌های‌ مختلف‌ پلاسمودیوم‌ در بروز بیماری‌ دخالت‌داشته‌باشند، مصرف‌ می‌شود.